該署的年度報告列出華府正密切關注的台灣相關貿易議題。
每年年初，美國貿易代表署（USTR）都會發表逐國檢討的《外國貿易障礙報告》。2020年報告中有關台灣的部分共9頁，簡要說明美國政府關切之雙邊貿易關係議題。
台灣限制某些（尤其是含有瘦肉精萊克多巴胺的）美牛和美豬產品進口，依然是美台未解決的主要貿易議題之一。至於其他眾多議題，美國貿易代表署的評論常反映台北市美國商會相關委員會提出的意見，包括：
醫療器材：美國貿易代表署指出「針對台灣醫療器材產品許可證審批制度和定價檢討機制……由來已久的擔憂」持續存在。主要例證之一就是「未簡化的法規申請流程，限制了合規產品可取得的數量」。其他例子則涉及自費和餘額自付（部分負擔）機制，上述機制提供病患使用全民健保未全額給付的高端醫材或新技術。
藥品：美國貿易代表署表示：「美國業界利害相關人士持續強調，台灣針對包括創新藥物在內的藥品定價和給付政策，必須具有更大的透明度和可預測性。」該署提及美國業界針對全民健保藥費支出目標（DET）制度改革提出建議，以解決「藥價調整對不同形式專利藥品處理方式不一致」和年度藥費支出目標計算方式等問題。
農用化學品：報告指出：「台灣當局制定農藥殘留安全容許量（MRLs）的過程緩慢，已批准的MRLs相當低，對未制定MRLs的農藥則採取零容忍政策，導致自美進口的貨品被擋在入境口岸，部分交易因退運風險高而打退堂鼓。」報告還表示，美國鼓勵台灣「繼續改善MRLs監管系統的速度、效率和透明度，以促進貿易」。
智慧財產保護：美國貿易代表署讚揚台灣在藥品專利連結、強化《著作權法》和修改《營業秘密法》的正面進展，但也指出挑戰依然存在，「尤其是網路盜版方面」。
透明度：報告提及台灣在2016年將源自行政機關和有關貿易、投資或智慧財產權的法規草案法定預告評論期從14天延長為60天，表示此舉是朝提高監管透明度邁出積極的一步。延長預告評論期是台北市美國商會所大力支持的倡議。不過美國貿易代表署指出，前述60天規定並未貫徹執行。
以上是台美貿易暨投資架構協定（TIFA）會議中可能觸及的一些議題。TIFA聯席委員會高層會談是美國副貿易代表和台灣經濟部次長所率領代表團之間進行的談判，但自2016年起未再舉行。即使在新型冠狀病毒肺炎大流行尚未攪局之前，美台也未宣布復談時程。
儘管如此，雙方應有可能繼續進行工作層級會商――最可能的方式是透過視訊會議進行。
