西方醫學在150年前由馬偕等外國傳教士引進到台灣，美國醫師則在1970與1980年代協助台灣發展對抗B型肝炎這個嚴重傳染病的疫苗。衛生福利部國際合作組主任許明暉說，既然台灣已經建立醫療與公共衛生的穩固基礎，選擇醫療合作當做新南向政策的旗艦計畫之一，是很正常的事。他說，台灣訓練有素的醫護人員，管理完善的醫院，以及廣受稱讚的全民健保制度，都是台灣在這個領域的重要資產。

這項旗艦計畫的核心是所謂的「一國一中心」計畫，它由衛福部負責執行，智庫中華經濟研究院提供行政支援。印度、印尼、馬來西亞、菲律賓、泰國和越南被列為優先國家，各有一家台灣的重要醫學中心獲選要帶動與這6個國家的雙邊醫療合作。這項合作在2018年推動一年之後，2019年的優先國家再加上緬甸。

許明暉說：「台灣經驗對這些國家來說成本較低。如果他們想要採取西方國家的經驗，代價會過於昂貴，而台灣模式可以用平價的成本，提供品質可以接受的醫療服務。」

各家醫學中心要負責協調指定國家醫療合作的協調工作，但同時也強調各自專長的領域，例如花蓮慈濟醫院以骨髓幹細胞中心聞名，彰化基督教醫院出名的是肝臟移植手術，台北榮民總醫院則擅長稱為體外膜氧合（ECMO，葉克膜）的加護病房措施。

這6家醫學中心每年要為指定國家固定名額的醫療人員提供訓練，課程內容也有規定。訓練主要是在台灣的醫療設施進行。據衛福部說，目前每年至少有500名外國醫生在台灣學習新的療法與技術，然後回到母國教導同事。

衛福部國際合作組科長李雨育說：「當然，這些國家多數跟我們沒有外交關係，因此才要讓醫院走在前面。有許多合作是在醫院的層級進行，例如協助對方國的醫院營運更為順利。但在多數情況下，我們也有部會級的合作，例如我們想要分享傳染病防治的經驗，也有些國家希望跟我們學習如何建立全民健保制度。」

此外，一國一中心計畫的目的也包括為旅居合作國家的台商與眷屬提供醫療支援。相關的台灣醫學中心會協助台商安排健檢，或接受必要的治療。

這項計畫的特色之一，在於利用透過合作建立的關係，幫助台灣醫療器材與藥品製造商打入新的市場。各醫學中心為外國醫護人員提供的訓練課程，可能包括參訪台灣生技園區的公司，由這些廠商做展品的展示。另一個渠道是讓前往南亞或東南亞行銷產品的台灣企業知道，在當地市場有哪些潛在的客戶。

中華經濟研究院衛福新南向專案辦公室協同主持人李淳說明引見與建立關係的重要性。他說：「醫療產品重要的是信任與信心，不光是價格與功能。」

李淳說：「我們醫療器材的前5大出口市場是歐盟、美國、中國、日本，還有可能是香港。東南亞國家協會原本不在其中。自從新南向政策展開之後，一個很大的不同點在於我們開始看到更多廠商對於在東協開發新的市場展現了興趣。」

此外，印度重視傳統醫療的古老傳統，為衛福部中醫藥司與印度阿育吠陀、瑜珈、物理療法、尤那尼醫學、悉達與順勢療法部提供了額外的對話機會。李淳說，印度很想要進一步瞭解台灣使傳統中藥現代化的成功經驗，例如將中藥製成藥丸，以及制定品質標準與提供製藥認證。

這類接觸的官方性質並未成為阻礙。李淳說：「畢竟我們談的是醫療，不是政治。」